¿Puedo tener planes distintos para cada negocio?

Sí. Cada negocio puede estar en un plan distinto: uno en Gratis, otro en Pro.
En la práctica:

• No hay obligación de que todos tus negocios estén en el mismo plan.
• Puedes tener, por ejemplo, el primer negocio en Pro y un segundo en Gratis.
• Para cambiar el plan de un negocio concreto, selecciona ese negocio en el selector y entra en "Planes y precios" o "Suscripción"; ahí verás el plan actual de ese negocio y podrás actualizar o bajar de plan solo para ese establecimiento.

La facturación y el método de pago se gestionan por negocio en el portal de facturación; al abrirlo, se abre la suscripción del negocio que tengas seleccionado en ese momento.